生物安全柜是為操作原代培養物、菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時，用來保護操作者本人、實驗室環境以及實驗材料，使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。

一級生物安全柜可保護工作人員和環境而不保護樣品。氣流原理和實驗室通風櫥一樣，不同之處在于排氣口安裝有HEPA過濾器。所有類型的生物安全柜都在排氣和進氣口使用HEPA過濾器。一級本身無風機，依賴外接通風管中的風機帶動氣流，由于不能對試驗品或產品提供保護，目前已較少使用。

二級是目前應用的柜型。與Ⅰ級一樣，Ⅱ級也有氣流流入前窗開口，被稱作“進氣流"，用來防止在微生物操作時可能生成的氣溶膠從前窗逃逸。與Ⅰ級不同的是，未經過濾的進氣流會在到達工作區域前被進風格柵俘獲，因此試驗品不會受到外界空氣的污染。 Ⅱ級的一個*之處在于經過HEPA過濾器過濾的垂直層流氣流從安全柜頂部吹下，被稱作“下沉氣流"。下沉氣流不斷吹過安全柜工作區域，以保護柜中的試驗品不被外界塵埃或細菌污染。